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DNA 標記方案——點擊寡核苷酸和 DNA 的化學標記

更新時間:2023-08-28      點擊次數(shù):580

點擊化學是一種多功能反應(yīng),可用于合成各種綴合物。事實上,任何生物分子都可以使用點擊化學方法輕松地用小分子標記,例如熒光染料、生物素等。

點擊化學反應(yīng)發(fā)生在兩種組分之間: 疊氮化物炔烴(末端乙炔)。疊氮基和炔基在天然生物分子中幾乎從未遇到過。因此,該反應(yīng)具有高度生物正交性和特異性。如果需要標記寡 核苷酸,可以在許多定制寡核苷酸合成設(shè)施和公司訂購炔烴修飾的寡核苷酸。


  1. 使用下表計算點擊化學標記所需的試劑體積。準備所需的儲備溶液(見附錄)。

    試劑混合物中的最終濃度原液濃度
    炔烴修飾寡核苷酸變化(20 — 200 uM)各不相同
    疊氮化物1.5 x(寡核苷酸濃度)10 mM DMSO 溶液
    二甲基亞砜50體積%
    抗壞血酸0.5毫米5 mM 水中
    銅-TBTA絡(luò)合物0.5毫米10 mM,溶于 55 vol% DMSO
  2. 將炔烴修飾的寡核苷酸或 DNA溶解在耐壓小瓶中的水中。

  3. 添加2M 醋酸三乙銨緩沖液(pH 7.0)至終濃度 0.2 M。

  4. 添加DMSO,并渦旋。

  5. 添加疊氮化物儲備溶液(DMSO 中的 10 mM),并渦旋。

  6. 將所需體積的 5mM 抗壞血酸儲備溶液添加到混合物中,并短暫渦旋。

  7. 通過向其中鼓泡惰性氣體 30 秒來對溶液進行脫氣??梢允褂玫獨?、氬氣或氦氣。

  8. 將所需量的 10 mM 銅 (II)-TBTA 庫存在 55% DMSO 中添加到混合物中。用惰性氣體沖洗小瓶并蓋上蓋子。

  9. 渦旋混合物。如果觀察到明顯的疊氮化物沉淀,則將小瓶在 80°C 下加熱 3 分鐘,然后渦旋。

  10. 在室溫下保存過夜。

  11. 用丙酮(對于寡核苷酸)或乙醇(對于 DNA)沉淀結(jié)合物。

    沉淀寡核苷酸綴合物:

    向混合物中添加至少 4 倍過量體積的 3% 高氯酸鋰丙酮溶液(如果混合物體積很大,則分成幾個小瓶)。

    沉淀 DNA 綴合物:

    向混合物中添加乙酸鈉至終濃度0.3M;

    添加 2.5 體積的乙醇(或 0.8 體積的異丙醇)。

    充分混合并在-20°C下保持20分鐘。

  12. 10000 rpm 離心 10 分鐘。

  13. 丟棄上清液。

  14. 用丙酮 (1 mL) 洗滌沉淀,以 10000 rpm 離心 10 分鐘。

  15. 棄去上清液,干燥沉淀,并通過 RP-HPLC 或 PAGE 純化綴合物。


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