簡(jiǎn)要描述:TGIRT™-III Enzyme,酶濃度:200 單位/微升單位定義:一個(gè)單位的 TGIRT
詳細介紹
品牌 | 其他品牌 | 供貨周期 | 一個(gè)月 |
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應用領(lǐng)域 | 醫療衛生,環(huán)保,化工,生物產(chǎn)業(yè),綜合 |
1. 全面的鏈特異性轉錄組分析。
TGIRT®-seq 的 ribodepleted、碎片化的通用人類(lèi)參考 RNA 樣本概括了人類(lèi)轉錄本和 spike-ins 的相對豐度,與非鏈特異性 TruSeq v2 相比,優(yōu)于鏈特異性 Tru-Seq v3。TGIRT®-seq 比 TruSeq v3 具有更高的鏈特異性,并消除了 TruSeq 固有的隨機六聚體引發(fā)的采樣偏差。TGIRT®-seq 顯示出比 TruSeq 更均勻的 5' 到 3' 基因覆蓋率并識別出更多的剪接點(diǎn)。TGIRT®-seq 支持在與結構化小 ncRNA(包括 tRNA)相同的 RNA-seq 中同時(shí)分析 mRNA 和 lncRNA,而 tRNA 基本上不存在于 TruSeq 數據集中。8個(gè)
2. 全細胞、外泌體、血漿和其他細胞外 RNA 的 RNA-seq。
快速處理時(shí)間(通過(guò) PCR 步驟構建 RNA-seq 文庫<5 小時(shí));需要少量 RNA(低 ng 范圍);全面的轉錄本概況,包括 mRNA 和 lncRNA 以及小 ncRNA,包括 tRNA、pre-miRNA 和其他結構化小 ncRNA 的全長(cháng)讀數;與傳統方法相比,偏差更小,鏈特異性更高。7,8,15
3. 在 RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP、CRAC、核糖體分析等方法中通過(guò) TGIRT® 模板轉換構建 RNA-seq 文庫。
快速處理時(shí)間(通過(guò) PCR 步驟構建 RNA-seq 文庫 < 5 小時(shí));需要少量 RNA(低 ng 范圍);不需要 RNA 連接酶,通過(guò)減少程序中的步驟來(lái)減少偏差和提高效率。1,10,11
4. 比逆轉錄病毒 RT 具有更高的熱穩定性、持續合成能力和鏈置換活性。
使用錨定寡核苷酸 (dT) 引物構建聚腺苷酸化 RNA 的 RNA-seq 文庫,與沒(méi)有核糖核酸去除步驟的逆轉錄病毒 RT 相比,其 5' 至 3' 覆蓋范圍更均勻。1個(gè)
通過(guò)基于毛細管電泳的方法(如 SHAPE 或 DMS 結構映射)實(shí)現 RNA 結構映射,與逆轉錄病毒 RT 相比,讀取長(cháng)度明顯更長(cháng),過(guò)早停止更少。1,16
能夠分析包含富含 GC 的重復擴增的 RNA 模板。18
能夠從 tRNA 和其他小的結構化/修飾的 ncRNA 合成全長(cháng)、端到端的 cDNA,這些 ncRNA 對逆轉錄病毒 RT 具有抵抗力。4-9,12-15
5. 人血漿和大腸桿菌 基因組DNA 的 ssDNA-seq。
通過(guò)直接在 DNA 鏈的 3' 端啟動(dòng) DNA 合成,同時(shí)連接 DNA-seq 適配器,無(wú)需末端修復、加尾或連接,以更簡(jiǎn)單的工作流程捕獲精確的 DNA 末端。能夠分析核小體定位、轉錄因子結合位點(diǎn)、DNA 甲基化位點(diǎn)和組織來(lái)源。
酶的建議用途:
1. 全面的鏈特異性轉錄組分析。8個(gè)
2. 全細胞、外泌體、血漿和其他無(wú)細胞 RNA 的 RNA-seq。7,8,15
3. miRNA、tRNA 和其他小的非編碼 RNA 的分析。1-9,12,15
4. RIP-seq、HITS-CLIP、irCLIP 和 CRAC,用于表征 RNA-蛋白質(zhì)相互作用和核糖體分析。1,10,11
5. 通過(guò)高通量測序鑒定 RNA 堿基修飾。4,5,13,14
6. 使用 SHAPE 和 DMS 修飾等方法進(jìn)行全基因組或靶向 RNA 結構作圖。1,16
7. 富含 GC 的重復擴增的逆轉錄和定量。18
8. 長(cháng) cDNA 的合成。1個(gè)
9. RT-qPCR。1個(gè)
10. 單鏈 DNA 序列。17
11. FFPE 腫瘤樣本分析(咨詢(xún) InGex 技術(shù)支持)。
酶特性和新活性:
比逆轉錄病毒逆轉錄酶具有更高的熱穩定性、持續合成能力和保真度,允許從高度結構化或大量修飾的 RNA(例如tRNA)和包含富含 GC 的重復擴增的 RNA 合成全長(cháng)、端到端的 cDNA。1-9,12,15,18
新型端到端模板轉換活動(dòng),可在逆轉錄過(guò)程中連接 RNA-seq 或 PCR 接頭,無(wú)需單獨的 RNA 3'-接頭連接步驟。1這種模板轉換活動(dòng)極大地促進(jìn)了鏈特異性 RNA-seq 文庫的構建,與使用隨機六聚體引物或使用 RNA 連接酶進(jìn)行接頭連接的程序相比,偏差更小。1,7,8
從退火引物高效合成 cDNA。退火引物的預計 Tm應>60 o C。建議在室溫下將酶與底物在反應混合物中預孵育 30 分鐘,然后通過(guò)添加 dNTP 啟動(dòng)反應。應通過(guò)測試 25 至 450 mM NaCl 的一系列鹽濃度來(lái)確定新應用的最佳條件。
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